おひさ

あけましておめでとうございます、と言う機会はとうに逃してしまいました。お久しぶりです。とりあえず元気でやってます。ブログを更新するのもいつ以来か忘れてしまいましたが、雑多な近況なんかを書いておきます。

■バーゲンに行ったよ
もう２５にもなるというのに、相変わらずお年玉をもらっています。両親と、おばあちゃんとから。さすがに社会的にはどうかと思ってはいるんですけどねー、潤いが欲しいのは誰でも同じ。
そんなわけで、今月の初めころに脱非リア充を目論む友達に連れられてバーゲンに行ってきました。梅田の HEP とかそこら辺だったかな？春まで使えそうなジャケットと手提げのカバンを買ったら諭吉さんが数人出兵してしまって、潤いは一瞬で失われてしまいましたとさ。実用品が手に入ったのと、そもそも友達と買い物に長時間行ったこと自体が楽しかったので後悔は無し。■

■TOEFL はどうなったのか
そういえば昨年11月下旬に受けた TOEFL ITP の結果が来てるので公開してみます。

Listening Comprehension: 49
Structure & Written Expression: 57
Reading Comprehension: 63
Total Score: 563

Total Score は各項目の単純な和にはならないのですね。TOEFL ITP には二つの Level があるそうですが、今回のは Level 1 の方でした（Level 2 の方が簡単）。満点は660点で、ペーパー版と同等とのことです。この資料（PDFが表示されるのでご注意を）によれば ITP で563点というのは TOEIC でいうところの 750-800 点あたりに対応するので、まあ悪くはない出来だったと思います。昔から苦手なリスニングはやっぱり点が良くないですね。普段から論文を読んだりしてるので文章読解はそれなりになるし、日常的に英語を聞く必要性は無い環境にいるので当然といえば当然ですが、改善したいところではあります。

前の記事にも書いた通り、しばらくは TOEFL 対策みたいなことをせずにどれだけ点数を上げられるのか試していこうかなと考えてます。まあそんな悠長なこと言っているうちは点なんて上がらないか……。■

■NVIDIA Tesla 導入
僕が今やっている研究はタンパク質の構造変化に関与しています。分子動力学によりアプローチしているため、とにかく計算は速ければ速いほど良いという状況にあります。分子構造の可視化とか、二次構造含量の分析とか、何をするにしてもまず系のトラジェクトリデータを計算する必要があるからです。

１２月末までの段階では Xeon X5690x12 で計算していたのですが、ボスの協力もあって今月から NVIDIA の Tesla M2090 を2機導入しました。これは、いま使っている Amber という MD パッケージが CUDA を使った高速計算にも対応したのを利用するためです。ベンチマークページによれば4,5倍は速くなるとのことでしたが、実際に今研究している系で試してみると7倍くらい高速化されてました（詳細は省きますが、NTP 条件下で 40,000 原子系を扱うと 23ns/day くらい。以前は良くて 3.5ns/day だった）。Ubuntu 10.04, OpenMPI を使っていたのを CentOS 5.6, MVAPICH2 にしたり、intel MKL を使うように設定し直したのでそもそも基本的なセットアップが違いますが、それにしても目覚ましい進歩だということには変わりありません。Amber のインストールに関してはちょっと苦労した点もあったので、別記事にまとめておきます。

僕は未熟な Python 使いなのですが、CUDA API である PyCUDA というのが存在するのでそのうち使ってみたいです。まずは普通の並列計算をきちんと修めてからですけどね……。Python 大好きです。最近は Bioinformatics Programming Using Python をちょこちょこ読んで色々勉強してます。XML とかの扱いを知りたくて。■

■処女論文が近い？
そろそろ論文書こうか、という話がボスとの間で持ち上がってきています。もうD1も終わりだしね、時期的には遅すぎるくらいなんですが、ようやく結果がまとまって来たので何とかしようということです。これが初論文。
どうなんだろう、データの解釈が圧倒的に足りていない気がする。先行研究との関連付けなんかも全く不十分だし、結果が割りと面白いだけに justification みたいなことをしっかりやらないと絶対 reject されると思う。これからが勝負です。とはいえ今月末が第一稿の締めきりということになっているorz■

TOEFL-ITP 受験したよ

こんばんは。こちら京都はだいぶ寒くなってきました。現在は21時半を過ぎたあたりですが、気温が大体７度とかその程度です。朝方もこれと同じ位の気温になるので出勤時は結構頬が冷たくなります。僕の出身地である長野は当然もっと寒くて、そんな中で育ったせいで寒くなるほど自分が元気になっていくのを感じる昨今です。

今日は TOEFL を受けてきました。一口に TOEFL と言ってもいくつか種類があるようですが、僕が今日受けたのは ITP(institutional testing program)です。集団受験用プログラムであるこの試験の結果は公式なスコアとして利用する事が出来ませんが、所属している研究科の学生であれば無料で受験出来るとのことだったので、ものは試しという感じで気軽に参加してきました。受験者は34名で修士課程と博士課程の学生が半々くらいでしたね（あ、僕はいま博士課程の１回生です）。会場となった教室はエアコンが効きすぎていて少し暑く、若干ぼうっとする感じでした。まあそういうときもあるのでしょうがない。

試験は全体で３部構成。まずはリスニング問題が35分あり、文法問題が25分と読解問題が55分続きます。リスニングセクションの問題数は忘れましたが、読解問題は全部で５種類の文を読む事になってました。A5１ページの幅で25行くらい書かれた問題が大半で、各テーマ文につき８題ちょっとくらいの設問アリ。元々苦手では無かった文法・読解問題はちょっと時間は短いけど内容自体は簡単という程度で終わりましたが、普段からダメだと自覚していたリスニングセクションはやっぱりダメでした。アレは惨憺たる結果が出てくると思う。これだと思える答えが１つもなかったから。うちのラボは普段のミーティングが全て英語で行われますが、しゃべるのは比較的辛くないにしても相手の言っている事が全然分かんないので、コミュニケーション力はとても低いままでここまで来てしまっています。

今回の試験を受けて分かったのは、概ね自分が普段から自覚しているような傾向が点数となってそれなりにきちんと表れてくるだろうという事。そもそも今日は全く何も準備しないで行ったので実力がそのまま出ているはずで、実際に受けてみた感触としてもそんな感じだったので、英語の力を測る試験としては信用してみてもいいかと思いました。今後は「 TOEFL という一種の資格試験を受けてハイスコアを叩き出す」というよりも、自分が苦手な部分を割りと正攻法と思えるような手段で埋めて行った結果として良い点数が出れば嬉しいという感じで付き合って行きたいです。

具体的には dictation でもしまくるのがいいのかな。普段もラボにいる外人としゃべってるけど、あれじゃあ全然リスニング力鍛えられないよ。雰囲気とかで何となく分かっちゃうし。僕の場合はもっと意識的な訓練が必要そうです。

試しに始めてみた

普段は twitter のおかげで生活記録が自然と残りますし、Evernote にもメモを取ったりしているため、わざわざブログの形で平凡な一市民の生活記録を残す必要性はほとんど無いように思います。それでも、「敢えて一本」、記事としてまとめて文章を書く事で何か自分のためになるような気がするのでこのブログを書いています。

実は某所ですでにブログサイトを開設済みなのですが、ふとしたきっかけで Blogger を知ったので使い勝手を試す意味でしばらく利用してみるつもりです。……ちょっとブログという単語が多くなってしまった。